Структура заповідника

1. Адміністрація

2. Канцелярія

3. Фінансово-економічний відділ

Сектор планово-фінансовий

4. Відділ правової та кадрової роботи

5. Науково-дослідний відділ охорони пам'яток архітектури

6. Науково-фондовий відділ

7. Науково-реставраційна майстерня

8. Відділ науково-історичних досліджень

Сектор науково-методичної роботи

9. Відділ науково-експозиційної роботи

10. Відділ науково-інформаційних технологій та видавничої роботи

11. Відділ реставрації та реабілітації пам'яток архітектури

12. Відділ інженерно-технічного забезпечення

13. Технічно-господарський відділ

Сектор ландшафтно-паркового господарства

14. Відділ «Софійський музей»

Сектор екскурсійної роботи

15. Відділ музей «Будинок митрополита»

16. Відділ «Кирилівська церква»

17. Відділ «Андріївська церква»

18. Відділ «Золоті ворота»

19. Відділ «Судацька фортеця»